Usai apel pagi, seluruh santri kembali ke kelas masing-masing dan memulai pembelajaran pada pukul 07.15 waktu setempat. Setiap satu jam pelajaran menghabiskan waktu 45 menit. Biasanya, setiap kelas terdapat 40-45 jumlah santri dalam satu kelas.
Dalam setiap pertemuan tatap muka, lanjut Ustadzah Safini, ustadz dan ustadzah mengawali pembelajaran dengan membaca doa pembuka belajar bersama. Pelaksanaan selanjutnya, ustadz atau ustadzah menunjuk salah satu siswa untuk memimpinnya di depan kelas.