Pihak stasiun heran dan bingung sampai ada seorang petugas kereta api yang mengetahui keberadaan Habib Kuncung yang merupakan salah satu habib yang mempunyai nasab langsung ke Nabi Muhammad SAW. Lalu petugas meminta maaf dan menyuruhnya untuk naik ke atas kereta, anehnya kereta langsung pun bisa berjalan.
Salah satu karomah lainnya yaitu ketika para ulama berkumpul di Kwitang. Mereka ingin melakukan perjalanan ke Cirebon memenuhi sebuah undangan. Saat itu Habib Kuncung terlupakan hingga tidak ikut rombongan ke stasiun.
Para ulama berangkat pada pukul 07.30 WIB. Sesampainya di Stasiun Cirebon, ternyata para ulama menemukan Habib Kuncung sudah di sana. Ketika ditanya, beliau mengaku sudah berada di stasiun itu sejak pukul 07.30 WIB.