Seperti masjid pada umumnya, Istiqlal juga memiliki kubah yang menjadi ciri khas bagian dari bangunan masjid di Indonesia. Terdapat kubah utama dan pendamping yang melambangkan dua prinsip saling berdampingan, yaitu hablum minallah dan hablum minanas yang bermakna bahwa hubungan baik dengan Allah serta manusia selalu terjalin baik.
Diameter kubah memiliki luas 45 meter, melambangkan tahun kemerdekaan Republik Indonesia. Ditopang 12 tiang besar melambangkan tanggal kelahiran Nabi Muhammad SAW pada 12 Rabiul Awal. Menara tunggal setinggi total 96,66 meter menjulang di sudut Selatan selasar masjid. Masjid ini mampu menampung lebih dari 200 ribu jamaah.
Kemudian, Masjid Istiqlal memiliki menara dengan tinggi 6.666 cm, ketinggian tersebut juga memiliki makna yaitu melambangkan 6.666 ayat Alquran. Menariknya lagi, kemuncak menara masjid ini terbuat dari kerangka baja setinggi 30 meter, melambangkan 30 juz dalam Alquran.
Terdapat tujuh gerbang yang diambil dari nama berdasarkan dari 99 Asmaul husna atau nama-nama Allah, yaitu Al Fattah, As Salam, Ar Rozzaq, Al Quddus, Al Malik, Al Ghaffar, dan Ar Rahman.
Di dalam Istiqlal para jamaah, atau wisatawan dapat melihat beberapa hiasan dinding yang bertuliskan lafadz-lafadz Alquran. Salah satunya adalah potongan kain penutup Ka'bah yang merupakan pemberian Raja Salman dari Arab Saudi. Di kain tersebut bertuliskan Surah Al Baqarah ayat 125, yang terbuat dari benang emas seberat 15 kg.