Begitupun dengan keilmuan yang diajarkan di pesantren yang bertujuan mengantarkan seorang santri pada tujuan takwa dan kesalehan.
Di dalam pesantren, ujar Ustadz Mawardi, santri diwajibkan untuk salat berjamaah, puasa sunah, berbagai macam salat sunah muakkad: shalat tahajjud, hajat, duha, dan lain-lain. Begitupula dengan dzikir dan berbagai amalan lainnya. Sebab pada hakikatnya, amaliyah yaumiyyah di pesantren yang bersifat wajib bagi para santri itu merupakan suatu proses internalisasi atau pembatinan nilai-nilai ketakwaan dan kesalehan.