Gus Muwafiq diketahui menimba ilmu pendidikan Islam di beberapa pesantren sehingga pemahaman keagamaannya yang dimiliki sangat mumpuni dan khas dengan pemahaman Islam yang dianut mayoritas muslim Indonesia. Gus Muwafiq sangat sering membahas isu-isu terbaru dan memberikan penjelasan secara rinci yang mudah diterima.
Gus Muwafiq juga dikenal sebagai kiai dengan pemahaman sejarah yang sangat mendalam, mulai sejarah peradaban manusia secara umum, sejarah Agama Islam pada masa kenabian, hingga sejarah Nusantara. Begitu pun sejarah agama Islam di Indonesia, mulai awal perkembangan hingga saat ini.