Awalnya, pembentukan ICMI dalam kegiatan Simposium Nasional Cendekiawan Muslim di Unibraw Malang itu banyak yang memandang akan membawa angin segar umat Islam dari pemerintah. Juga merupakan harapan cerah bagi masa depan Islam karena organisasi ini dimpimpin oleh BJ Habibie, seorang intelektual yang cukup disegani di Indonesia dan di Eropa.
Namun, Gus Dur menyatakan bahwa ketidakhadiran dirinya pada Kongres ICMI di Malang lebih dikarenakan adanya pembatasan nama-nama yang diundang. Gus Dur menyebut, sepertinya hanya mereka yang ‘Islam Masjid’ yang boleh masuk ICMI. Sedangkan ‘Islam Alun-alun’ sama sekali tidak diajak, baik sebagai eksponen maupun pembawa makalah.
Gus Dur memisalkan ketika umat Islam di Indonesia memiliki cendekiawan Umar Kayam dan Muchtar Lubis. Tentu saja dari sisi intelektualitasnya, contoh kedua tokoh tersebut tidak mungkin dikupas secara mendalam oleh orang-orang yang disebut Gus Dur sebagai ‘Islam Masjid’. Sehingga ICMI kehilangan relevansinya sebagai sebuah wadah yang diharapkan memberikan kemajuan intelektualitas bangsa Indoensia.
Dari segi masa depan politik Indonesia, Gus Dur juga mencontohkan bahwa forum ICMI tidak bisa meninggalkan Dr Alfian dan Juwono Sudarsono. "Kenapa cuma Arbi Sanit yang diundang? Kenapa tidak bisa lapang dada dan menerima orang-orang yang kurang sepaham?" ungkap Gus Dur yang disampaikan lewat Tempo.
Gus Dur menegaskan bahwa keberatannya kepada ICMI bukan sebagai keberatan NU secara institusi, melainkan keberatan diri pribadinya. Karena orang NU seperti Yusuf Hasyim dan KH Ali Yafie termasuk yang hadir dalam simposium tersebut.