Selain menjadi masjid, bagian bawah masjid difungsikan menjadi tempat parkir. Masjid tersebut juga mengadopsi arsitektur ramah lingkungan, menggunakan tiga jenis kayu, yaitu kayu meranti, kayu puspa, dan kayu durian.
Dengan memasang 38 jendela maka masjid ini mampu menghemat daya listrik dengan memanfaatkan sirkulasi udara dan cahaya alami dari luar. Selain itu, Masjid Panggung Cordofa juga didesain menjadi bangunan yang ramah terhadap gempa.