Saat melakukan salat Istiqa para jamaah tak boleh banyak bicara baik ketika perjalanan, duduk maupun menunggu. Semua harus dilakukan dengan sangat khusyuk, khidmat, dan hening seperti yang dilakukan Rasulullah SAW.
Syekh Abdullah Bafadhal Al-Hadrami menjelaskan, salat Istisqa dilakukan dua rakaat, sama dengan dua rakaat salat Id. Namun tata cara salat keduanya agak berbeda sedikit dalam penempatan khutbah, pembacaan takbir dan arah kiblat pada khutbah kedua.
Seperti salat lainnya, sebelum salat Istiqa diawali dengan membaca niatnya:
Ushalli sunnatal istisqa’i rak‘ataini ma’muman lillahi ta‘ala.
Artinya, “Aku menyengaja salat sunah minta hujan dua rakaat sebagai makmum karena Allah SWT.”