Bung Karno merancang bagian atap dan tiang-tiang Masjid Jami Bengkulu. Atap masjid berbentuk tumpang tiga. Tingkat dua dan tiga atap berbentuk limasan kerucut dengan celah pada pertengahan atap.
Atap bersusun dengan aksen tekukan dan hiasan kemuncak. Atap dan ruang plafon dibuat relatif tinggi seolah-olah menyentuh langit alias skala Tuhan. Ditambahkan pula tiga pilar berjajar paralel yang berornamen ukiran kayu di bagian kepala pilarnya. Pilar besar berukuran sekitar 40×80 cm memastikan bahwa Sukarno telah mempersiapkan bangunan ini kelak tahan terhadap cakaran zaman.