Beliau wafat pada Kamis 17 Ramadhan 1169 Hijriyah atau bertepatan tanggal 27 Juni 1756 Masehi. Sesuai peraturan pada masa itu, bahwa setiap orang asing harus dikuburkan di pemakaman khusus di Tanah Abang.
Jasad Habib Husein pun diusung dengan kurung batang (keranda). Namun, keanehan justru terjadi manakala keranda tiba di lokasi pemakaman. Sesampainya di pekuburan, jenazah Habib Husein justri raib dari dalam kurung batang.
Jenazah tersebut malah ditemukan di tempat tinggalnya semula. Masyarakat mengistilahkan bahwa jasad Habib Husein keluar dari kurung batang. Para pengantar jenazah mencoba kembali mengusung jenazah Habib Husein ke pekuburan Tanah Abang, namun lagi-lagi jasadnya kembali ke tempat semula.
Alhasil, mereka bersepakat untuk memakamkan jenazah Habib Husein di tempat yang notabene rumah tinggalnya sendiri. Hingga kini, orang menyebut tempat itu dengan sebutan “Kampung Baru Luar Batang” atau yang lebih tenar dengan sebutan "Kampung Luar Batang".
(Rizka Diputra)