Tapi perintah Allah Subhanahu wa ta'ala tidak pernah salah. Allah Ta'ala pun meminta Nabi Nuh Alaihissallam bersiap-siap terhadap musibah besar berupa banjir bandang. Air banjir sendiri mulai muncul dari dalam rumah Nabi Nuh.
حَتّٰۤى اِذَا جَآءَ اَمۡرُنَا وَفَارَ التَّنُّوۡرُۙ قُلۡنَا احۡمِلۡ فِيۡهَا مِنۡ كُلٍّ زَوۡجَيۡنِ اثۡنَيۡنِ وَاَهۡلَكَ اِلَّا مَنۡ سَبَقَ عَلَيۡهِ الۡقَوۡلُ وَمَنۡ اٰمَنَؕ وَمَاۤ اٰمَنَ مَعَهٗۤ اِلَّا قَلِيۡلٌ
"Hingga apabila perintah Kami datang dan tannur telah memancarkan air, Kami berfirman: 'Muatkanlah ke dalam bahtera itu dari masing-masing binatang sepasang (jantan dan betina), dan keluargamu kecuali orang yang terdahulu ketetapan terhadapnya dan (muatkanlah pula) orang-orang yang beriman.' Dan tidak beriman bersama Nuh itu kecuali sedikit." (QS Hud: 40)
Nabi Nuh Alaihissallam mulai membuka kapal miliknya dan meminta para pengikutnya untuk naik. Malaikat Jibril pun turut membantu menggiring seluruh hewan ke dalam kapal Nabi Nuh agar tidak mengalami kepunahan.
Makin lama air makin meninggi akibat hujan turun luar biasa deras. Penduduk yang tidak meyakini adanya Allah Subhanahu wa ta'ala dan menentang Nabi Nuh Alaihissallam pun satu per satu tenggelam.
Bahkan, anak Nabi Nuh Alaihissallam menjadi salah satu yang tidak selamat. Sang anak menolak diselamatkan ke dalam kapal.
وَهِىَ تَجۡرِىۡ بِهِمۡ فِىۡ مَوۡجٍ كَالۡجِبَالِ وَنَادٰى نُوۡحُ اۨبۡنَهٗ وَكَانَ فِىۡ مَعۡزِلٍ يّٰبُنَىَّ ارۡكَبْ مَّعَنَا وَلَا تَكُنۡ مَّعَ الۡكٰفِرِيۡنَ
"Dan kapal itu berlayar membawa mereka ke dalam gelombang laksana gunung-gunung. Dan Nuh memanggil anaknya, ketika dia (anak itu) berada di tempat yang jauh terpencil, 'Wahai anakku! Naiklah (ke kapal) bersama kami dan janganlah engkau bersama orang-orang kafir'." (QS Hud: 42)