Oleh karena itu, Gus Dur melihat bahwa Nahdatul Ulama (NU) dan Muhammadiyah sangat dekat sekali. "Kalau ada yang bilang Muhammadiyah jauh dengan NU, itu hanya mencari-cari saja. Wong yang dipelajari saja bahannya sama kok,” tegasnya.
Gus Dur bercerita, sewaktu dulu Muhammadiyah didirikan di Yogyakarta oleh KH Ahmad Dahlan, pendiri NU KH Hasyim Asyhari bertanya siapa yang mendirikan Muhammadiyah. Ketika dijawab KH Ahmad Dahlan, kemudian ia minta penjelasan apakah Ahmad Dahlan yang sama-sama mengaji dengannya di Kyai Sholeh Darat Semarang. Setelah dibenarkan, tampak hatinya lega.