 
                Menurut riwayat, saat itu Fatahilah bersama pasukannya dari Demak-Cirebon datang untuk mengusir Portugis dari Sunda Kelapa. Dia membangun masjid sebagai tempat ibadah sekaligus konsentrasi pasukan.
Fatahilah bersama pasukannya kemudian berhasil merebut Sunda Kelapa dan mendirikan Jayakarta.
Arsitektur masjid ini mengandung empat unsur kebudayaan; Jawa, Eropa, China dan Betawi.
"Kalau dilihat dari atas bangunnan memiliki gaya joglo itu arsitek Jawa, lalu uwungan agak melungkung dari atas digenting itu, nah itu asal arsitek dari China. Selanjutnya gaya arsitek dari Eropa terdapat dari empat pilarnya atau tiang-tiang dicor yang sangat kokoh. Yang terakhir itu Betawi dilihat dari unsur jendela dan ukirannya," bebernya.
Masjid ini sengaja dibangun megah dengan gaya campuran karena Marunda saat itu merupakan kota sekaligus pusat perekonomian.
Masa Hindia Belanda, masjid ini jadi pusat dakwah yang melahirkan para pejuang dan benteng pertahanan pejuang Jakarta.