Ia menjelaskan, selain menetapkan fatwa ekonomi syariah dan halal, MUI juga menetapkan fatwa keagamaan. Selain itu, MUI juga kerap mengeluarkan fatwa mengenai aliran sesat.
Dalam menetapkan aliran sesat ini, lanjut dia, MUI melalui proses panjang. Sebelum tiba di Komisi Fatwa, MUI mendalaminya melalui penelitian oleh Komisi Penelitian, Pengkajian, dan Pengembangan.
Tentang Ponpes Al Zaytun misalnya, papar Kiai Niam, MUI sudah pernah melakukan kajian mendalam pada 2002. Saat itu salah satu anggota tim, KH Aminuddin Yakub, menyampaikan bahwa Ponpes Al Zaytun memiliki beberapa aspek yang dinilai menyimpang.