Mengerti perasaan sang istri, Pangeran Cakraningrat IV akhirnya memberikan izin, doa, serta 20 orang pengawal pria dan 20 dayang-dayang perempuan. Berangkatlah mereka dari Bangkalan menuju Denpasar, Bali. Sesampainya di Istana Pemecutan, Raden Ayu tidur di istana; sementara pengawal dan dayang-dayangnya tidur di taman kerajaan.
Resmi memeluk agama Islam, Raden Ayu pun menunaikan Sholat Magrib di Merajan Istana, tempat suci umat Hindu. Saat itu semua warga kerajaan tidak ada yang mengetahui cara ibadah umat Islam. Mereka pun menduga Raden Ayu sedang mengeluarkan ilmu hitam.
Baca juga: Gagal Bakar Alquran, Pemuka Agama Ini Mantap Jadi Mualaf
Patih kerajaan melaporkan hal itu kepada Raja Pemecutan. Raja yang juga ayahnya marah dan memerintahkan Raden Ayu dibunuh. Tidak lama kemudian, Patih mengajak Raden Ayu Siti Khotijah ke depan Pura Kepuh Kembar.
Raden Ayu memiliki firasat jika dirinya akan dibunuh, ia pun meninggalkan pesan dan menjelaskan bahwa kala itu sedang beribadah menurut agama Islam. Selain itu, beliau juga berpesan agar tidak dibunuh dengan senjata tajam karena hal itu akan sia-sia.
Baca juga: Bule Tampan Ini Jadi Mualaf Usai Takjub Baca Alquran yang Diselipkan Ibunya di Ransel
"Pakailah cucuk konde saya ini yang telah disatukan dengan daun sirih dan diikat benang Tridatu, benang tiga warna yakni putih, merah, dan hitam," cerita Pak Mangku.
Raden Ayu meminta Patih kerajaan melemparkan cucuk kondenya ke dada sebelah kiri. Apabila tubuhnya mengeluarkan asap dan berbau busuk saat meninggal, Patih boleh membuang mayatnya sembarangan. Namun jika asap dari tubuhnya beraroma harum, Raden Ayu meminta sang Patih untuk membuatkan tempat suci yang disebut keramat.