Hal yang menarik, semasa kuliah, Ali pernah berdebat dengan KH Abdullah Wasian, tepatnya pada tahun 1993. Saat itu Kiai Wasian adalah seorang kristolog senior.
Ia sangat disegani para pendeta karena penguasaannya atas Alkitab. Dia juga sering berdebat dengan para pendeta, baik dari Indonesia maupun luar negeri.
Perdebatan pertama kali Ali dengan KH Abdullah Wasian adalah tentang siapa yang dikorbankan Ismail ataukah Ishak.
Dikutip dari kanal YouTube Graha Mualaf, setelah perdebatan itu Ali masih belum masuk Islam. Lulus dari Unair, dia kemudian meneruskan S-2 di Semarang dan lulus pada 2003.
Ali termasuk sedikit orang Indonesia yang menguasai bahasa Ibrani secara aktif. Tidak hanya di situ, dia juga menguasai lima bahasa lain yakni Inggris, Arab, Yunani, Prancis, Latin, Sanskerta, dan Madura.